หลังสิ้นสุดสงครามโลกครั้งที่สอง รัฐบาลสหราชอาณาจักรได้ซื้อที่ดินจากนายน้ำแท้ แต้มทอง จำนวน 17 ไร่เมื่อปี พ.ศ. 2489 เพื่อสร้างสุสานทหารสัมพันธมิตรดอนรักขึ้นเป็นอนุสรณ์สถานสำหรับเชลยศึกผู้วายชนม์ด้วยได้รับการสนับสนุนจากรัฐบาลออสเตรเลีย, นิวซีแลนด์ และเนเธอร์แลนด์ ต่อมาโจเซฟ เวลซิง (Joseph Welsing) ทูตเนเธอร์แลนด์ประจำพม่าในขณะนั้น ได้เขียนจดหมายถึงพระคุณเจ้าเปโตร คาเร็ตโต มุขนายกเขตมิสซังราชบุรี ขอให้สร้างอารามชีลับใกล้บริเวณสุสาน เพื่อจะได้มีผู้คอยสวดภาวนาแก่ผู้วายชนม์ซึ่งหนึ่งในนั้นเป็นหลานชายของนายเวลซิง ต่อมาพระคุณเจ้าเปโตรพิจารณาเสนอแก่นายเวลซิงว่าควรสร้างโบสถ์แทนอารามชีลับเพื่อให้คริสต์ศาสนิกชน ผู้นับถือศาสนาอื่น ๆ และนักท่องเที่ยวสามารถเข้าชมสุสานและภาวนาแก่ผู้ล่วงลับได้ นายเวลซิงจึงเห็นดีด้วยจึงบริจาคทรัพย์จำนวน 7,000 ดอลลาร์สหรัฐเพื่อซื้อที่ดินจำนวน 3 ไร่เศษสำหรับสร้างโบสถ์เล็ก ๆ หลังหนึ่ง[2] โดยตั้งอยู่ด้านหลังสุสานทหารสัมพันธมิตรดอนรัก[4]

โบสถ์เริ่มก่อสร้างในปี พ.ศ. 2498 โดยมีคุณพ่ออันเดรอา เช็กกาเรลลีออกแบบให้เข้ากับสุสาน และยอแซฟ ชุลี เยาวสังข์เป็นช่างก่อสร้าง จนเสร็จสมบูรณ์ในปีถัดมา โดยนายเวลซิงขอให้จารึกชื่อเรยีนา (Regina) ซึ่งเป็นชื่อภรรรยาผู้ล่วงลับที่โบสถ์นี้ พระคุณเจ้าเปโตรจึงตั้งชื่อโบสถ์ว่าเบอาตา มุนดี เรยีนา (Beata Mundi Regina) อันเป็นสมัญญานามของพระนางมารีย์พรหมจารีแปลว่า "ราชินีแห่งสากลโลก"[2][5]

เดิมวัดแม่พระราชินีแห่งสากลโลก กาญจนบุรีจะขึ้นอยู่กับวัดแม่พระมหาทุกข์ ท่าม่วง ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2499 ถึง พ.ศ. 2538 เพราะไม่มีบาทหลวงประจำและมีศาสนิกชนไม่มากนัก กระทั่งในปี พ.ศ. 2538 ได้มีการจัดตั้งโรงเรียนดรุณากาญจนบุรี เขตมิสซังราชบุรีจึงได้จัดให้มีบาทหลวงอยู่ประจำ[2] โบสถ์ได้รับการบูรณะในปี พ.ศ. 2549[5][6]